第一卷：在小城市裡的某處秘密隱藏著一棵無人操作的光禿樹形漆黑裝置，所有被樹操縱的“怪人”殺死的人一部分會變成新的怪人，另一部分會變成改造人。樹形系統操縱怪人與不知情的改造人戰鬥，為達成某個不可告人的研究。
第二卷：第一卷的前傳。失憶的男主自身的過去，揭秘自身的身世。
第三卷：樹形裝置背後的組織消亡後被其他組織吸收，開始繼續另一項研究，並找到了男主要求配合。